Nagasaki war vor 1500 eine unbedeutende kleine Hafenstadt. Doch der Ort wuchs schnell, als portugiesische Seefahrer ihn, gefördert durch den christlich bekehrten Daimyo Omura Sumitada, als Hauptumschlagplatz für ihre Waren nutzen. Portugiesische Handelsgüter wie Stoffe, Tabak, und Brot, die über den Hafen von Nagasaki importiert wurden fanden in Japan reißenden Absatz. Die Portugiesen handelten auch mit Waren aus China und anderen asiatischen Ländern.

Doch im Jahre 1587 wendete sich das Blatt. Toyotomi Hideyoshi kam als neuer Kampaku an die Macht und befahl die Vertreibung aller christlichen Missionare. Die Jesuiten verloren die ihnen von Omura Sumitada gewährte eingeschränkte Verwaltungskontrolle, die nun wieder an die Zentralregierung fiel. Japanische und ausländische Christen wurden verfolgt, und Hideyoshi ließ, zur Abschreckung, am 5. Februar 1597, 26 Christen in Nagasaki kreuzigen. Die portugiesischen Händler blieben unangetastet, und so konnten die Geschäfte weiter laufen.
Als die Christenverfolgung jedoch ihren Höhepunkt erreichte und die Abschottung gegen ausländische Einflüsse ganz Japan in die Isolation trieb, blieben neben den Chinesen nur die Niederländer als einzige Handelspartner übrig. 1641 wurde ihnen als Handelsstützpunkt Deshima zugewiesen, eine künstliche Insel in der Bucht von Nagasaki. Von nun an war der Kontakt mit der Außenwelt auf Nagasaki begrenzt.
Die japanische Selbstisolation war so umfassend, dass für Japaner, Auslandsbesuche unter Androhung der Todesstrafe verboten waren. Erst 1720 wurde niederländische Bücher erlaubt, was dazu führte, dass Gelehrte und Studenten aus ganz Japan nach Nagasaki kamen, um die europäischen Wissenschaften zu studieren.